YeniOkul Ortaokulu çocukları, ilkokul dördüncü sınıf tamamlanmadan ortaokula hazır olurlar. İlkokul yılları boyunca edindikleri duygusal okur-yazarlık, ihtiyaç farkındalığı, kendini duygu-ihtiyaç diliyle ifade edebilme, anlaşmazlık çözümü becerileri ön ergenlik ve ergenlik dönemi güçlükleri ile baş etme yolunda akranlarından çok güçlüdürler. Dördüncü sınıftan başlayarak Türkçe, Matematik, Fen Bilimleri ve Sosyal Bilgiler branş öğretmenleri ile bağ kurmaları ve ortaokula aynı sınıf rehber öğretmenleri ile geçiş yapmalarının akademik süreçlerin birbiriyle bağlantılı ilerlemesi açısından büyük etkisi vardır.Akademik kazanımlara ve becerilere ayrılan zamanı artırma ihtiyacıyla ilkokulda her gün uygulanan çemberler ortaokulda sadece hafta başı ve sonunda vardır.
Çocuklar Pazartesi sabahı sınıf öğretmenleri ile bir araya gelerek haftanın programı üzerinden geçerler, programla ilgili önerilerini sınıf topluluğuna sunarlar, sınıf anlaşmalarının yapıldığı ve daha geniş okul topluluğunu ilgilendiren konuların görüşüldüğü yerler Pazartesi Çemberleridir. Cuma günü son ders saatinde ise sınıf öğretmeni ile birlikte haftanın değerlendirilmesi yapılır, bir sonraki hafta ile bağlantı kurulur. Ortaokulda 10 saat İngilizce dersi, 2 saat Seçmeli Almanca Dersi vardır.
Seçmeli Almanca dersinde çocukların ikinci yabancı dile ve farklı bir kültüre aşina olması hedeflenir. İngilizce ile aynı dil grubundan olması, dilin bilim ve sanat alanındaki etkinliği göz önünde bulundurularak seçmeli yabancı dilin Almanca olması uygun görülmüştür. Akademik süreçlerin yoğunluğu nedeniyle kulüplere ortaokulda bir saat ayrılır ve bir kulüp iki çeyrek boyunca sürdürülür. Çocuklar dönem sonu sergilerine projeler ve sanat çalışmalarının yanı sıra kulüp çalışmaları ile de eşlik ederler. Kendi yazdıkları oyunları sahnelemek, dans gösterileri ve Maker-Robotiks çalışmaları bu katkılara örnektir. LGS Hazırlık süreci ortaokulun her sınıfına özgü planlanır ve uygulanır. Dördüncü sınıfta başlayan süreç, her sınıfta beceri geliştirme ve hız kazanma çalışmalarının artırılmasıyla devam eder.
Ev çalışması içerikleri de bu planlama çerçevesinde çocuk özelinde farklılaştırılarak yoğunlaştırılır. Kavram Temelli Öğrenme, her çocuğun MEB kazanımlarını en az orta-ileri düzeyde edinmesi hedeflenerek planlanır ve gerçekleştirilir. Yedinci ve sekizinci sınıfta okul sonrası etütler, sekizinci sınıfta yaz tatilinde ve yarıyıl tatilinde LGS kampı planlanır ve uygulanır. Hazırlık sınıfından başlayarak dokümante edilen akademik ve sosyal-duygusal gelişim takibi sayesinde her çocuk kendi ilgi ve eğilimi yönünde desteklenerek lise eğitimine hazırlanır.
